В традиции Юнгдрунг Бон есть три мантры, которые в совокупности воплощают всю полноту учения Будды Тонпа Шенраба Мивоче.

Они широко известны как «Ньингпо намсум» — «Три коренные (или сущностные) мантры».

Учения Юнгдрунг Бон подобны океану. Насчитывается восемьдесят четыре тысячи наставлений. Их можно свести к «Девяти путям Бона». Эти девять путей могут быть далее сведены к трем воззрениям: Сутре, Тантре и Дзогчену. Эти три воззрения укладываются в три коренные мантры. Вот почему они называются «коренными». 

Практика этих трех мантр может принести результат практики Девяти путей Бона. Даже простое повторение этих мантр с верой и преданностью без понимания их значения или знания особых методов реализации приносит благословение и силу практикующему. 

Во время предварительных практик, призванных подготовить ум к дальнейшему пути и продвинутым практикам, каждая из этих трех сущностных мантр начитывается сто тысяч раз. Даже бонпо-миряне часто начитывают каждую из этих мантр не менее ста восьми раз в день. 

Во время начитывания любой мантры не рекомендуется разговаривать, а также следует воздерживаться от еды, питья, кашля, чихания, плевков и резких выдохов. Таким образом сила мантры не теряется и не ослабевает. По завершении начитывания принято подуть на четки и таким образом благословить их энергией мантры. Таким же способом практикующий может направить энергию начитывания мантры на какую-либо больную часть тела, в сердечный центр или же на пищу и напитки. 

Чтобы в полной мере получить пользу и благословение от начитывания любой из этих трех коренных мантр, важно получить передачу на них от квалифицированного ламы традиции Юнгдрунг Бон. 

Для каждой из этих мантр существует своя практика и визуализация. Они также напрямую связаны с тремя телами Будды: Бонку («Тело Истины»), Дзогку («Тело Совершенной Радости»), и Тулку («Тело воплощения»). 

Традиционно мантры начитываются в следующем порядке:

Коренная мантра Бонку:

А ОМ ХУМ А А КАР СА ЛЕ О А ЯМ ОМ ДУ

Поскольку это коренная мантра Бонку, она связана с воззрением Дзогчен. Часто эту мантру называют мантрой «СА ЛЕ О».

В учениях по Дзогчену сказано, что если практикующий испытывает трудности в распознании истинной природы своего ума, ему стоит начитывать эту мантру. 

Хотя мантры не похожи на повседневные высказывания с их прямым и конкретным смыслом, каждый слог мантры имеет отчетливый энергетический заряд и значение. Смысл коренной мантры Бонку можно сформулировать так: «Пусть я смогу познать естественное состояние своего ума!»

Коренная мантра Дзогку: 

ОМ МА ТРИ МУ ЙЕ СА ЛЕ ДУ

Поскольку это коренная мантра Дзогку, она связана с воззрением Тантры. Эту мантру обычно называют мантрой «МА ТРИ», а также «Великой мантрой».

Эта мантра воплощает в себе энергию Будды Тонпа Шенраба Мивоче и Шераб Джаммы, Любящей матери изначальной мудрости, а также шести просветленных проявлений Будды в шести уделах сансары: мире адов, мире голодных духов, мире животных, мире людей, мире полубогов и мире богов. Эти шесть проявлений Будды Тонпа Шенраба известны как «Шесть покоряющих Шен».

Ежегодно во время тибетского Нового года в бонском поселении Долпо в Непале эта мантра начитывается непрерывно в течение пятнадцати дней.

Коренная мантра Тулку:

А КАР А МЕ ДУ ТРИ СУ НАГ ПО ШИ ШИ МАЛ МАЛ СО ХА

Поскольку это коренная мантра Тулку, она связана с воззрением Сутры. Эту мантру обычно называют мантрой «ДУ ТРИ СУ».

Первые четыре слога представляют Дершек Цожи, четырех главных просветленных Юнгдрунг Бон, которыми являются Сатриг Эрсанг, Шенла Окар, Сангпо Бумтри и Будда Тонпа Шенраб. Следующие слоги символизируют очищение низших миров и защиту от внутренних и внешних негативных сил. 

Согласно великому учителю Дренпа Намка, если эту мантру начитывать и вдувать в подошвы стоп умирающего существа, она будет подталкивать его сознание к макушке головы, что позволит избежать перерождения в нижних мирах. Кроме того, если человека мучают кошмары, повторение этой мантры по утрам будет рассеивать негативную энергию. 

В домах семей бонпо в Гималаях традиционно имеется одна или все три коренные мантры в виде вырезанных из дерева или камня и подвешенных над входом в дом табличек. Высечение этих мантр на камнях, их печать на молитвенных флажках или ношение амулетов с ними приносит неизмеримые благословения и защиту.